Den Empfehlungen kommt - im Unterschied zu den Empfehlungen zum Europäischen Nutztierübereinkommen, die den Charakter rechtsverbindlicher Durchführungsbestimmungen haben - keine verbindliche Rechtskraft zu. Sie gelangen nur zur Anwendung, wenn sich die Vertragsstaaten dazu explizit verpflichtet haben. Im Gegensatz zum Übereinkommen selbst können sie dann aber auch auf innerstaatliche Beförderungen angewendet werden. In den Jahren 1987 bis 1990 wurden Empfehlungen für die Beförderung von Pferden, Schweinen, Rindern, Schafen und Ziegen sowie von Geflügel verabschiedet. Die ausführlichen Erlasse enthalten die Grundlagen für auf die einzelnen Tierarten abgestimmte Massnahmen vor und nach dem Transport, das Ver- und Entladen sowie die eigentliche Beförderung. Im Gegensatz zum Übereinkommen enthalten die Erlasse aber auch fachliche Ausführungen rein informativer Art und praktische Hinweise für die Beförderung von Tieren (so etwa die Information, dass übermässiger Transportstress zu erhöhter Krankheitsanfälligkeit etc. führen kann). Wiederholt wird darauf hingewiesen, dass im Interesse der betroffenen Tiere und ihres Wohlbefindens wenn immer möglich von Ferntransporten abgesehen werden sollte. Jede unnötige Verzögerung ist ausserdem zu vermeiden und eine Beförderung nur dann aufzuhalten, wenn dies das Wohlbefinden der Tiere unbedingt erfordert. Auf das Verabreichen von Beruhigungsmitteln soll grundsätzlich verzichtet werden. Ist ein Medikamenteneinsatz trotzdem einmal unabdingbar, so müssen der Name des Mittels, die Dosierung, das Datum und die genaue Uhrzeit der Applizierung in den Begleitdokumenten verzeichnet werden. Ausserdem darf das Medikament nur durch einen Tierarzt oder unter dessen Aufsicht abgegeben werden.
In besonderen Anhängen werden sodann spezifische Vorschriften zum Bahn-, Strassen-, Wasser- und Lufttransport (beispielsweise Bestimmungen für den Post- oder Nachttransport, Werte für maximale Ladedichten und Skizzen zu den Transportbehältnissen) aufgestellt, wobei sich die Normen bezüglich der Beförderung mit Flugzeugen im Wesentlichen an den sog. Live Animals Regulations (LAR) der International Air Transport Association (IATA) orientieren. Dabei handelt es sich um regelmässig den neusten wissenschaftlichen Erkenntnissen und sich ändernden Bedingungen des Luftverkehrs angepasste Normen über die artgerechte Behandlung von Tieren beim Flugtransport. Mit den sog. Container Requirements enthalten die 1975 erlassenen Live Animals Regulations auch umfassende Bestimmungen über Transportbehälter. Jede Tierart ist dabei einem von rund sechzig verschiedenen Containern zugeteilt, wofür eigene Richtlinien über die Form, Beschaffenheit, Grösse, Maximalbelegung und Wartung sowie die Vorbereitung und Fütterung der Tiere vor dem Flug etc. bestehen. Obschon sich sämtliche namhaften Luftfahrtgesellschaften zu ihrer Einhaltung verpflichtet haben, handelt es sich bei den IATA-Normen nicht um verbindliche Rechtsvorschriften, sondern lediglich um Prinzipien mit empfehlendem Charakter, deren Einhaltung letztlich auf Freiwilligkeit beruht. Ausserdem beziehen sich die Bestimmungen bloss auf den Zeitraum zwischen dem Eintreffen am Abfertigungsschalter bis zur Ankunft am Zielflughafen, nicht jedoch auf die Betreuung der Tiere im Flugplatzareal.
Die Empfehlungen zum Transporttierübereinkommen werden vom Generalsekretariat des Europarats im Übrigen nicht nur den Konventionsparteien zugesandt, sondern auch jenen Ländern, die regelmässig entsprechende Tiere in Vertragsstaaten befördern. So wurde beispielsweise die Empfehlung für den Transport von Pferden unter anderem auch an die Regierungen Argentiniens, Brasiliens, Mexikos, Uruguays, Australiens, Neuseelands, Russlands, Kanadas, der USA, Indiens und der Volksrepublik China gerichtet. Im Rahmen des revidierten Transporttierübereinkommens sollen auch die einzelnen Empfehlungen überarbeitet werden.