Im Juni 1991 hat das Ministerkomitee in diesem Rahmen eine Empfehlung für das Schlachten von Tieren einschliesslich eines umfassenden Verhaltenskodexes verabschiedet. Ähnlich wie bei den Empfehlungen zum Transportübereinkommen handelt es sich dabei um eine kurze Empfehlung an die Mitgliedstaaten des Europarats sowie einem umfassenden Anhang mit den entsprechenden Verhaltensregeln in Form von Richtlinien. In der eigentlichen Empfehlung rät das Ministerkomitee den Mitgliedstaaten, den Erlass zu übernehmen und sicherzustellen, dass der Kodex in geeigneter Weise bekannt gemacht und von den betroffenen Parteien beachtet wird.
Neben diversen Erklärungen zu artspezifischen Verhaltensweisen der Tiere enthält die Empfehlung für die verschiedenen Vorbereitungsphasen bis zum eigentlichen Schlachtakt und dem Entbluten Bestimmungen zum schonenden Umgang mit Schlachttieren, wobei dem Fixieren und Betäuben besondere Beachtung zukommt. Zu finden sind beispielsweise Skizzen zu Ansatzpunkten mechanischer Betäubungsgeräte bei Rindern, Schweinen, Schafen, Ziegen und Pferden sowie Angaben zur Elektronarkose (einschliesslich für Geflügel) und der CO2-Betäubung von Schweinen. Wie die Empfehlungen zum Transporttierübereinkommen hat jedoch auch die Empfehlung zum Schutz von Schlachttieren keine verbindliche Rechtskraft, sodass sie nur dann zur Anwendung gelangt, wenn sich die Vertragsstaaten explizit dazu verpflichten.