Die Frage, ob allenfalls auch Tiere als Erfindungen betrachtet und somit unter Patentschutz gestellt werden können, wird in den letzten Jahren nicht nur in Fachkreisen, sondern zunehmend auch in der Öffentlichkeit kontrovers diskutiert. Unzweifelhaft sind durch natürliche Fortpflanzung oder künstliche Selektion entstandene Tiere nicht patentierbar. Umstritten ist hingegen, ob dies auch für sog. transgene Tiere, denen durch gentechnologische Methoden ein artfremdes Gen zugeschaltet wurde, gelten soll. Nicht zuletzt stellt die Aussicht auf eine Patentierung und die damit verbundene kommerzielle Nutzung transgener Tiere in der medizinischen und pharmazeutischen Forschung sowie dereinst vielleicht auch in der Landwirtschaft eine praktisch bedeutsame Voraussetzung für die grosse Investitionsbereitschaft der Gentechnikindustrie dar.
Im Jahre 1988 wurde in den Vereinigten Staaten für die sog. Harvard-Krebsmaus ("Onco-Maus") das weltweit erste Patent auf ein Säugetier erteilt. Dabei handelt es sich um erbbedingt schnell an Tumoren erkrankende Mäuse, an denen verschiedene Substanzen und Produkte auf ihr Krebs auslösendes Potenzial untersucht werden können. 1992 wurde ein analoges Onco-Patent auch vom Europäischen Patentamt mit Wirkung für die Vertragsstaaten des EPÜ erteilt. Umstritten ist in diesem Zusammenhang, ob auch die Nachkommenschaft aus der Zucht "patentierter Eltern" dem Patentschutz untersteht.
Eine Patenterteilung nach schweizerischem PatG setzt voraus, dass eine Erfindung überhaupt patentfähig ist, wofür wiederum verschiedene Bedingungen erfüllt sein müssen. Bezüglich der Patentierung von Lebewesen bestimmt Art. 1a PatG explizit, dass für Pflanzensorten und Tierarten sowie für weitgehend biologische Verfahren zu deren Züchtung keine Patente erteilt werden können. Nicht unter die Ausschlussnorm fallen nach herrschender Auffassung jedoch transgene Tiere, da diese nicht durch biologische, sondern durch gentechnologische Methoden geschaffen werden und zudem auch keine eigentlichen Arten im Sinne von Art. 1a PatG darstellen. Eine Patentanmeldung für ein transgenes Tier beschränkt sich nicht auf eine konkrete Rasse, sondern ist vielmehr auf eine inhomogene artenübergreifende Gruppe von Tieren gerichtet, die einander – vom eingesetzten Gen abgesehen - nicht ähnlich zu sein brauchen. Nach herrschender Praxis stellen transgene Tiere auch eine Erfindung - und keine blosse Entdeckung - dar, die im Rechtssinne als neu und wiederholbar gilt. Diese Praxis ist allerdings Gegenstand von Kritik. Für die Frage nach der Zulässigkeit von Patenten auf Tieren bedeutend ist aber auch Art. 2 lit. a PatG, der die Patentierung einer Erfindung grundsätzlich ausschliesst, wenn deren Verwertung gegen die öffentliche Ordnung oder die guten Sitten verstösst. Die Bestimmung bildet eine wesentliche Schranke, durch die nicht nur ethische, sondern auch arten- und tierschützerische Bedenken in das Erteilungsverfahren einzufliessen vermögen. Unter tierschützerischen Gesichtspunkten ist insbesondere zu fragen, ob eine Patentierung von Tieren mit dem verfassungsmässigen Grundsatz des Schutzes der kreatürlichen Würde und der im April 2003 vollzogenen Lösung der Tiere vom reinen Objektstatus vereinbar ist. Die herrschende Auffassung bejaht dies. Verweigert werden müsste eine Patentierung aber, wenn dadurch die durch die Rio-Konvention geschützte biologische Vielfalt ernsthaft gefährdet wäre oder Tieren durch eigentliche Qual- oder Defektzüchtungen ungerechtfertigt Schmerzen, Leiden oder Schäden zugefügt würden.
Bis ins Jahr 2002 wurden in der Schweiz keine Patente auf transgene Tiere erteilt. Dies soll jedoch nicht darüber hinwegtäuschen, dass ein insbesondere auf handelspolitischen Überlegungen beruhendes Bedürfnis nach einem überstaatlichen Schutz in der Praxis dazu führt, dass Tierpatentanmeldungen beim Europäischen Patentamt eingehen und dort entschieden werden.