Unter bestimmten Voraussetzungen werden für ökologische und gemeinschaftliche Leistungen Finanzhilfen ausgerichtet. Sog. allgemeine Direktzahlungen leistet der Staat nach Art. 70 Abs. 1 des Landwirtschaftsgesetzes (LwG) an bäuerliche Betriebe, welche die Anforderungen des sog. ökologischen Leistungsnachweises erfüllen. Dieser verlangt unter anderem gemäss Art. 5 der Direktzahlungsverordnung (DZV), dass die für die landwirtschaftliche Produktion massgebenden Vorschriften der Tierschutzgesetzgebung - namentlich die allgemeinen Bestimmungen sowie jene über die Tierhaltung, den Transport und die verbotenen Handlungen - einzuhalten sind, wobei der entsprechende Nachweis vom Landwirt zu erbringen ist. Verstösse gegen Tierschutzvorschriften wirken sich somit negativ auf die Direktzahlungen aus. Daneben ist gemäss Art. 70 Abs. 2 LwG kumulativ eine Reihe weiterer Bedingungen zu erfüllen (ausgewogene Düngerbilanz, angemessener Anteil an ökologischen Ausgleichsflächen, geregelte Fruchtfolge, geeigneter Bodenschutz sowie Auswahl und gezielte Anwendung der Pflanzenbehandlungsmittel). Die Höhe der Direktzahlungen bemisst sich an der Anzahl der im betreffenden Betrieb gehaltenen Tiere, wobei die Beträge umso höher ausfallen, je weniger Tiere pro Fläche gehalten werden (Art. 70 Abs. 5 lit. d LwG i.V.m. Art. 20 Abs. 1 DZV).
Für die Verwendung «besonders tierfreundlicher» Produktionsmethoden richtet der Staat zudem sog. Ökobeiträge aus (Art. 76 Abs. 1 LwG i.V.m Art. 59ff. DZV). Derart bezeichnet werden nach Art. 60 DZV Betriebe, die ihre Nutztiere frei in Gruppen in Stallungen mit genügend Tageslicht und ihrem natürlichen Verhalten angepassten Ruhe-, Bewegungs- und Beschäftigungsmöglichkeiten halten. Die Anforderungen an die Haltungssysteme einzelner Tierkategorien finden sich in der detaillierten Verordnung über besonders tierfreundliche Stallhaltungssysteme (BTS-VO), die jedoch nicht für alle Nutztiere Regelungen enthält (so beispielsweise nicht für Pferde, obschon diese sehr komplexe Anforderungen an die Stalleinrichtung stellen). Die entsprechenden Beiträge variieren derzeit je nach Tiergattung zwischen 90 (Rinder) und 280 Franken (Geflügel) pro Grossvieheinheit. Ökobeiträge können auch beansprucht werden, wenn den Tieren regelmässiger Auslauf im Freien gewährt wird. Nach Art. 61 DZV muss Raufutter verzehrenden Nutztieren (Rindern, Schafen, Ziegen, Pferden, Dam- und Rothirschen, Bisons etc.) hierfür von Frühling bis Herbst monatlich 26 Tage Auslauf auf einer Weide oder in einem Laufhof bzw. während der Winterfütterungsperiode mindestens 13 Tage pro Monat im Freien gewährt werden. Schweine müssen mindestens drei Tage pro Woche und Kaninchen sowie Nutzgeflügel täglich ins Freie gelangen können. Auch hierfür besteht mit der sog. RAUS-Verordnung ein spezieller Erlass mit detaillierten Vorschriften für die einzelnen Tierarten.
Die Umstellung eines landwirtschaftlichen Betriebs von der klassischen Stallhaltung auf tiergerechte Haltungsformen mit Gruppenausläufen und -stallungen erfordert oftmals grössere bauliche Veränderungen, welche die finanziellen Möglichkeiten eines Landwirts nicht selten übersteigen. Um dennoch einen Anreiz für solche Projekte zu schaffen, kann der Bund nach Art. 87 LwG Beiträge und Investitionskredite (zinslose Darlehen) gewähren. Die Mittel sind so zu verwenden, dass die Haltungsbedingungen den Anforderungen des ökologischen Leistungsnachweises oder der Gewährung von Ökobeiträgen gerecht werden. Detaillierte Bestimmungen zur Gewährung von Finanzhilfen für Strukturverbesserungen finden sich wiederum in einer eigenen Verordnung (SVV). Nach Art. 141ff. LwG kann der Bund auch die landwirtschaftliche Tierzucht fördern, was in erster Linie der kostengünstigen und qualitativ hoch stehenden Erzeugung tierlicher Produkte dienen soll. Eine wesentliche Voraussetzung hierfür sind gesunde, widerstandsfähige und den natürlichen Verhältnissen des Landes angepasste Tiere. Unter dem Aspekt einer vermehrt ökologisch ausgerichteten Produktion gewinnen Leistungsmerkmale wie allgemeine Gesundheit, Vitalität, Robustheit etc. vermehrt an Bedeutung - eine Erkenntnis, die sich im Übrigen längst auch der Markt zu Nutze gemacht hat, auf dem seit den achtziger Jahren verschiedene für eine möglichst tiergerechte Haltung stehende Labels aufgetaucht sind.
Die staatliche Förderung der landwirtschaftlichen Nutztierzucht soll eine eigenständige Tierzucht auf bäuerlichen Betrieben sicherstellen, welche die Nachfrage des inländischen Markts befriedigen kann. Tier- und artenschützerische Ziele sind hier untergeordnet, fliessen jedoch zumindest indirekt über die erwähnten Massnahmen ein. Eine Ausnahme bildet Art. 142 Abs. 1 lit. c LwG, wonach der Bund anerkannten Organisationen Beiträge für Massnahmen zur Erhaltung von Schweizer Nutztierrassen ausrichten kann, um diese vor dem Aussterben zu bewahren. Unabhängig von ihrem ökonomischen Wert gelten einheimische Nutztierrassen als wesentliches bäuerliches Kulturgut, das zur Identifikation einzelner Regionen beiträgt. Als entsprechende Beispiele seien etwa das jurassische Freibergerpferd oder die Eringerkuh aus dem Kanton Wallis genannt.