Werden Fische experimentell verwendet, was in der Praxis namentlich für Toxizitätstests bisweilen geschieht, sind die Bestimmungen über Tierversuche zu beachten. Besondere Schutznormen für Fische finden sich in der Tierschutzgesetzgebung allerdings keine; im Gegenteil bestimmt Art. 38 Abs. 2 TSchV, dass Fischfarmen, Hälterungsbecken und einzelne Aquarien nicht als gewerbsmässige Wildtierhaltungen gelten, womit sie auch keiner Genehmigungspflicht unterliegen. Eine amtliche Haltebewilligung ist lediglich für nicht einheimische Fische erforderlich, die in Freiheit mehr als einen Meter lang werden (Art. 39 lit. e TSchV). Im Falle von Riff- und Hochseehaien bedarf es nach Art. 40 Abs. 2 lit. e TSchV ausserdem eines Fachgutachtens über die Gewähr einer tiergerechten Haltung. Ungeachtet der vielen bei der Schlachtung von Fischen auftretenden Tierschutzprobleme fallen diese - im Gegensatz zur Rechtslage in Deutschland - auch nicht unter die explizit nur für Säugetiere geltende Betäubungspflicht von Art. 20 Abs. 1 TSchG. Für die Fischerei werden zudem in Art. 1 Abs. 3 TSchG die Bestimmungen des 1994 in Kraft getretenen Fischereigesetzes (BGF) vorbehalten, das auf der Grundlage von Art. 79 BV die Grundsätze für die Ausübung des Fisch- und Krebsfangs in öffentlichen und privaten Gewässern regelt. Als Aneignungsrecht verleiht die Fischereigesetzgebung die Befugnis zum Fang von Fischen, Neunaugen und zehnfüssigen Krebsen sowie zum Sammeln von Grossmuscheln. Das BGF ist mehr dem Arten- als dem Tierschutz zuzuordnen, indem es die Erhaltung, Verbesserung und Wiederherstellung der natürlichen Artenvielfalt sowie des Bestands einheimischer Fische und ihrer Lebensräume, den Schutz bedrohter Fisch- und Krebsarten, die nachhaltige Nutzung von Fisch- und Krebsbeständen sowie die Förderung der Fischereiforschung bezweckt (Art. 1 Abs. 1 BGF). Tierschützerische Grundsätze sind aber gleichwohl zu beachten, was sich bereits aus dem Verfassungsauftrag von Art. 80 BV ergibt.
In der zum BGF zugehörigen Vollzugsverordnung VBGF werden für Forellen, Seesaiblinge, Felchen, Äschen, Hechte und einheimische Krebse Schonzeiten zwischen sechs und vierzig Wochen festgelegt, die durch die Kantone verlängert und auf weitere Arten ausgedehnt werden können (Art. 1 VBGF). Daneben bestimmt die VBGF die Fangmindestmasse für die einzelnen gefangenen Fisch- und Krebsarten (Art. 2 VBGF) und erlaubt den Kantonen, in bestimmten Fällen Sonderfänge durchführen zu lassen sowie generelle Ausnahmen von den Schonzeiten und Fangmindestmassen vorzusehen (Art. 3f. VBGF). Aus tierschützerischer Sicht ist Art. 5b VBGF hervorzuheben, der den Einsatz lebender Köderfische verbietet, den Kantonen für den Fang von Raubfischen aber die Möglichkeit zu Ausnahmeregelungen einräumt. Ein grundsätzliches Fangverbot besteht einzig nach Art. 5a VBGF für den Lachs, wobei zurückgesetzte oder beim Angeln festgestellte Exemplare der kantonalen Fischereifachstelle zu melden sind.
Da es sich beim BGF um ein Rahmengesetz handelt, liegt die nähere Regelung der Berufs- und Sportfischerei im Kompetenzbereich der Kantone. Diese sind für die Fischereibewirtschaftung zuständig und haben dabei die Pflicht, eine nachhaltige Nutzung der Fisch- und Krebsbestände sicherzustellen, die den lokalen ökologischen Bedingungen Rechnung trägt. Die Kantone sind im Besitz des Fischereiregals und können das entsprechende Recht - wie das Jagdrecht - im Pacht- oder Patentsystem an Private verleihen. Obschon Art. 3 Abs. 1 lit. b BGF den Kantonen klar vorschreibt, dass Fische beim Fang nicht unnötig verletzt oder geschädigt werden dürfen, weisen die kantonalen Gesetzgebungen unter tierschützerischen Gesichtspunkten teilweise erhebliche Mängel auf, indem sie etwa belastende Praktiken (beispielsweise das Angeln mit Widerhaken oder das Zurücksetzen fangmässiger Fische) erlauben oder nur in wenigen Fällen eine obligatorische Ausbildung für Angler vorschreiben. Im Rahmen verschiedener Arbeitsgruppen wird derzeit diskutiert, wie weit über die kantonalen Vorschriften hinausgehende Massnahmen erforderlich sind, um Fische vor unnötigen Schmerzen, Leiden und Schäden zu schützen.