Vor allem aber ist zu bedenken, dass der generellen Abnahme sowohl in der Schweiz als auch in vielen anderen Staaten durch die rasante Entwicklung im Bereich der Gentechnologie eine enorme Ausweitung von Tierexperimenten entgegensteht. So ist beispielsweise der vermehrte Tiereinsatz in der Schweizer Grundlagenforschung insbesondere auf die wachsende Bedeutung der Gentechnologie zurückzuführen. Versuchsprojekte mit gentechnisch veränderten Tieren haben seit 1992 stetig und deutlich zugenommen und erreichten 2003 die Zahl von 351. Diese Zahl umfasst sowohl Projekte, in deren Rahmen gentechnisch veränderte Tiere zum Einsatz gelangen, als auch solche, welche die Herstellung neuer gentechnisch veränderter (einschliesslich der Kreuzung bestehender transgener) Linien zum Ziel haben. Parallel dazu ist in den letzten Jahren auch die Anzahl hierfür verwendeter Tiere stark gestiegen. 2003 waren dies in der Schweiz 63'500 (99,9 Prozent Mäuse und die restlichen Ratten). Unberücksichtigt bleibt dabei die Zahl der durch Vermehrung bestehender gentechnisch veränderter Linien gezüchteten Tiere, da diese züchterischen Massnahmen weder melde- noch bewilligungspflichtig sind. In den letzten Jahren wurden zudem nicht nur transgene Tiere eingesetzt, sondern auch laufend neue Zuchtlinien hergestellt oder importiert. Von 1997 bis 2003 wurden in der Schweiz 3900 verschiedene gentechnisch veränderte Mauslinien sowie einzelne Ratten-, Kaninchen- und Fischlinien gehalten. Neun von zehn Zuchtlinien zeigen dabei keine phänotypischen Veränderungen, die auf eine Belastung der Tiere schliessen liesse. Bei 5 Prozent muss von einer geringen und bei 4 Prozent von einer mittelgradigen Belastung ausgegangen werden. Weniger als 1 Prozent der Linien gelten als schwer belastet.
Die experimentelle Verwendung transgener Tiere scheint äusserst attraktiv. Mittels neuartiger methodischer Ansätze lassen sich bislang ungelöste Forschungsfragen neu angehen und moderne Erkenntnismodelle überhaupt prüfen, was einen Schub in der biomedizinischen Forschung ausgelöst hat, der die Rückläufigkeit der Versuchstierzahlen somit gesamthaft bald wieder in ihr Gegenteil umwandeln könnte. Bereits die Schaffung eines transgenen Tiers ist ein Tierversuch, der mit möglichen Schäden und Leiden verbunden ist. Im Gegensatz zur Situation bei transgenen Nutztieren stellen Schädigungen bei genmanipulierten Labortieren nicht Nebenfolgen, sondern vielmehr das Ziel des Eingriffs dar. Von nationalen Verbotsbestimmungen, kranke Wirbeltiere zu züchten (sog. Qualzuchten), sind transgene Tiere für wissenschaftliche Zwecke in der Regel explizit ausgeschlossen (so beispielsweise durch § 11b Abs. 4 des deutschen TierSchG). Ein Grossteil der genmanipulierten Tiere wird im Anschluss für weitere Experimente verwendet, wobei sie als gewöhnliche Versuchstiere gelten und zusätzlich belastet werden. Infolge dieser genetischen und experimentellen Doppelbelastung sind die Leiden bei transgenen Tieren insgesamt höher einzustufen als bei "normalen" Labortieren (dasselbe gilt auch für normal gezüchtete Defektmutanten). Die reine Vermehrung einmal geschaffener transgener Tiere ist hingegen in der Regel ohne Kontrollen und Auflagen erlaubt, sodass davon ausgegangen werden muss, dass in der Praxis ein Vielfaches der in den offiziellen Statistiken ausgewiesenen Anzahl gentechnisch manipulierter (und teilweise schwer belasteter) Tiere produziert wird. So müssen beispielsweise in der Schweiz aufgrund von Art. 59d TSchV zwar die Zuchtbetriebe anerkannt sein, eine nationale Statistik, die das Ausmass der Zucht transgener Tiere und deren Leiden dokumentiert, wird indes nicht erstellt.