Affen zeigen ausgeprägte Verhaltensweisen, leben in sozialen Verbänden und benötigen eine abwechslungsreiche Umgebung - Voraussetzungen also, die in Gefangenschaft kaum und in Versuchslabors schon gar nicht zu erfüllen sind. Da man den vielfältigen und komplexen physiologischen Grundbedürfnissen von Affen nicht gerecht werden kann, sind sich viele Fachleute darin einig, dass eine artgerechte Primatenhaltung in Gefangenschaft nahezu unmöglich ist, weil sie eine derart wesentliche Einschränkung der artspezifischen Bedürfnisse der Tiere darstellt, dass ihnen erhebliche Schmerzen, Leiden und Schäden widerfahren. Die einschlägigen Gesetzeserlasse regeln die Haltung von Laborprimaten jedoch lediglich in derart rudimentärer Form, dass in der Praxis offensichtliche Tierschutzwidrigkeiten zutage treten. So werden Affen häufig in engen Einzelkäfigen ohne Beschäftigungsanreize gehalten, die weder die motorische Aktivität der Tiere anregen noch eine Herausforderung an ihre mentalen Fähigkeiten darstellen. In vielen europäischen Versuchsinstituten werden Laborprimaten teilweise über Jahre hinweg einzeln in kargen und derart kleinen Käfigen gehalten, dass sie sich darin nicht richtig bewegen und oftmals kaum aufrecht stehen können. Als Folge dieser nicht artgerechten Haltung zeigen viele der sozialen und hochsensiblen Tiere schwere Verhaltensstörungen wie reduzierte oder übersteigerte Aktivität, stereotypes, selbstzerstörerisches oder abnormales soziales Verhalten etc. Ausserdem führen die Haltungsbedingungen zu einem Ungleichgewicht im physiologischen Status der Tiere, was auch die Versuchsergebnisse beeinflussen kann. Zur Primatenhaltung besteht eine Vielzahl wissenschaftlicher Veröffentlichungen mit Empfehlungen, die über die ungenügenden gesetzlichen Mindesterfordernisse hinausgehen. Generell wird oft vernachlässigt, dass für nahezu jede Affenart andere Haltungsbedingungen zu berücksichtigen sind, weil sich die Arten durch ihr jeweiliges Sozialverhalten etc. teilweise stark voneinander unterscheiden.
Die Einrichtung des Primatennetzwerks verursacht aber auch verschiedene weitere Probleme. Tierschützer kritisieren etwa, dass der enorme finanzielle und personelle Aufwand, den die Affenzucht kostet, weit sinnvoller in die Förderung alternativer Methoden investiert Werden könnte. Statt Anstrengungen zu unternehmen, um das Angebot an Laboraffen zu erhöhen, sollten die Bemühungen vielmehr darauf konzentriert werden, den Bedarf durch die Verwendung von Ersatzsystemen zu vermindern (mit dem Endziel einer vollständigen Einstellung von Primatenversuchen).
Ökonomisch sind Zuchtprogramme ausserdem nur dann, wenn der "Affenverbrauch" langfristig gewährleistet werden kann, was jedoch den Bestrebungen, Tierversuche prinzipiell zu reduzieren, zuwider läuft. Auch bergen derartige Einrichtungen die Gefahr, dass zu viele Tiere gezüchtet und dadurch Anreiz zu zusätzlichen Experimenten geschaffen wird. Da die zukünftige Nachfrage für Versuchsprimaten nicht genau bekannt ist, wird dem Zuchtprogramm in der Regel der aktuelle Bedarf zugrunde gelegt. Das Einberechnen rückläufiger Versuchszahlen (insbesondere durch den vermehrten Einsatz alternativer Systeme) ist dabei kaum möglich. Im Gegensatz zur Zucht von Mäusen und Ratten ist jene von Affen aufgrund langer Trag- und Aufwachszeiten sowie geringer Nachkommenschaft aber besonders inflexibel. Dies kann letztlich dazu führen, dass plötzliche Überangebote entstehen, die dann zu überflüssigen Primatenexperimenten verleiten. So wurden in den letzten Jahren etwa in den Niederlanden und den USA bereits "überschüssige" Schimpansen in wissenschaftlichen Zeitschriften wie Handelsprodukte - beispielsweise als "ideale BSE-Modelle" - feilgeboten. Darüber hinaus sind Zuchtzentren zwecks Nachzucht und sog. Blutauffrischung (um einer ansonsten drohenden genetischen Verarmung entgegenzutreten) nach wie vor auf ständigen Nachschub aus freier Wildbahn angewiesen.