Bei den Tieren führen die angestrebten Zuchtziele zu einem anatomischen Missverhältnis zwischen Körpergewicht und Skelettfestigkeit, das nicht selten Beinschwächen oder sogar Lahmheiten verursacht. Die Skelettentwicklung und Gelenkbelastbarkeit der Tiere kann nicht mit ihrer raschen Gewichtszunahme, dem schnellen Muskelwachstum und der frühen Geschlechtsreife Schritt halten, sodass die permanente Überbelastung häufig zu schmerzhaften Knorpel- und Knochenschäden an den Gelenken führt (insbesondere zu Arthrosen der Gliedmassen- und Rückengelenke). Bei Mastschweinen erreichen Hinterhandschwächen derartige Ausmasse, dass die Tiere selbst geringe Bodenerhebungen nicht mehr überwinden können. Ein deutliches Merkmal des sog. Beinschwächesyndroms ist die Körperhaltung im Hundesitz.
Weitere Konsequenzen der Hochleistungszucht sind diverse muskuläre Probleme und Vitalitätseinbussen sowie eine übermässige Sensibilität und Stressanfälligkeit. Bei fleischreichen Tieren ist der Anteil weisser Muskelfaserzellen im Vergleich zu den roten deutlich erhöht, was sich in Stresssituationen negativ auswirkt. Normalerweise reagiert der Organismus auf psychische oder physische Belastungen mit der Freisetzung von Energiereserven und einer Steigerung der Stoffwechselleistungen. Infolge der Veränderung des Stoffwechselgeschehens in den Muskelfaserzellen kommt es bei Mastschweinen jedoch zu einer Stoffverwechslung der freigesetzten Energiereserven ohne Sauerstoff. Der Energiegewinn ist nur klein und es wird Wärme erzeugt, die zu einem erheblichen Temperaturanstieg führt. Die als Abbauprodukt anfallende Milchsäure führt schliesslich zu einer Übersäuerung der Muskulatur, die schmerzhafte Gewebeveränderungen (insbesondere am Rücken) und Rückbildungen ganzer Muskelpartien zur Folge hat. Extrem hohe Milchsäurekonzentrationen können sogar zum Tod der Tiere führen. Bei der Versorgung der übermässigen Muskelpartien mit lebenswichtigen Stoffen ist ausserdem das Herz überlastet, sodass viele Schweine an Herzschwäche leiden. Bereits bei geringfügigen Ursachen können die Tiere einem plötzlichen Herzversagen erliegen, das etwa bei jedem dritten modernen Mastschwein die natürliche Todesursache darstellt. Die Tiere erregen bei physischen und psychischen Belastungen (Aufregung, Angst, Fluchtversuche etc.), wie sie sich heutzutage insbesondere im Rahmen moderner Intensivhaltung oder auf langen Transporten oft ergeben, sehr schnell. Da Zuchtschweine allgemein eine erhöhte Anfälligkeit für Herz- und Kreislaufversagen aufweisen, führen die Erregungszustände nicht selten zum Tod. Stress stellt sich bei akuten Stoffwechselstörungen der Muskulatur (sog. Belastungsmyopathien) ein, die sehr schmerzhaft sind und mit dem enormen Muskelwachstum in Zusammenhang stehen. Körperliche oder seelische Belastungen können dann auch zu einer Übersäuerung des Organismus (metabolische Azidose) und sogar zu Muskelneurosen führen. Durch die reizarme Stallumgebung wird die enorme Stressanfälligkeit der Tiere zusätzlich begünstigt.
Die enorme Stressanfälligkeit der Tiere wirkt sich überdies negativ auf die Fleischqualität aus. Die beschriebenen Myopathien führen oft - insbesondere, wenn sie auf dem Transportweg zum Schlachthof entstehen - zu einer beträchtlichen Qualitätsverminderung des Fleischs (sog. PSE-Fleisch, dessen direkte Ursache die bei der Schlachtung in der Muskulatur verbleibende Milchsäure ist). Aufgrund der immer höheren Todesraten in Ställen oder auf dem Transport und des kontinuierlich zunehmenden Anteils an PSE-Fleisch werden viele Zuchtschweine heutzutage einer Stressprüfung (dem sog. Halothantest) unterzogen, um die Merkmalsträger des unerwünschten Stoffwechselgeschehens aus der Zucht ausschliessen zu können.
Gesamthaft verenden allein in Deutschland jährlich rund eine Million Schweine an den unmittelbaren Zuchtfolgen. Als Musterbeispiele für eigentliche Qualzuchten dienen Tiere der besonders fleischhaltigen Rasse Piétrain, wobei deren diverse Belastungen mit graduellen Unterschieden auch bei den anderen Fleischrassen auftreten.