Anderseits wirkt sich die Hochleistungszucht vor allem auch nachteilig auf das Wohlbefinden und die Gesundheit der betroffenen Nutztiere aus. Bereits in den "Experimentierphasen" beging man schwerwiegende Zuchtfehler, die den Tieren erhebliche Leiden verursachten. Beispielsweise wurde sog. Fleischschweinen das Haarkleid und das Unterfettgewebe nahezu vollständig weggezüchtet, sodass die Schutzfunktion der Körperdecke als Wärmedämmung verloren ging und die Tiere nur noch in klimatisierten Ställen gehalten werden konnten (erst die nachträgliche Kreuzung mit Wildschweinen brachte dann wieder "wetterfeste" Tiere hervor). Die Wahl der Zuchtziele ist in der Regel sehr einseitig auf quantitativ fassbare Aspekte der Leistungssteigerung ausgerichtet, während andere Kriterien wie Gesundheit, Langlebigkeit, Fruchtbarkeit, Robustheit oder Anpassungsfähigkeit stark vernachlässigt werden.
Für die Tiere bedeutet dies neben der Gefahr der Überforderung ihres physiologischen Leistungsvermögens eine Vielzahl von Schmerzen, Leiden und Krankheiten sowie eine generell sinkende Lebenserwartung. Die diversen negativen Begleiterscheinungen, welche die Grenze des Vertretbaren häufig überschreiten und eindeutige Qualzuchten darstellen, werden jedoch um der Rentabilität willen in Kauf genommen. Insbesondere wird die Zucht auf höchste Produktivität durch ungenügende Massnahmen begleitet, die das Anpassungsvermögen der Tiere an die Intensität der Nutzung nicht ausreichend berücksichtigen (den enormen Leistungssteigerungen zum Trotz zeigen moderne Hochleistungstiere im Wesentlichen noch immer das gesamte Verhaltenspektrum ihrer Urahnen). Die Auffassung, dass nur starke, vitale und sich wohl fühlende Tiere Garanten für grosse Erträge sind, trifft nicht uneingeschränkt zu; vielmehr sind Gesundheit und Wohlbefinden oftmals gerade der Preis für hohe Leistungen, da mit zunehmender Beanspruchung die Risiken für die Tiere erfahrungsgemäss steigen und Schäden infolge von Krankheiten und mangelnder Widerstandskraft vermehrt auftreten. Bei modernen Nutztieren stellt die Leistungsfähigkeit keinen Ausdruck ihrer Gesundheit dar, da die Selbstregulation des Organismus durch züchterische Bemühungen ausgeschaltet wird und die Tiere genetisch zu hoher Produktivität gezwungen sind. Angesichts der Tatsache, dass beispielsweise Hühner noch Stunden vor dem Erschöpfungstod Eier legen oder fiebrige Kühe trotz ihrer Krankheit noch enorme Mengen Milch geben, gleicht das Dasein moderner Hochleistungstiere einem eigentlichen "Leben auf Reserve".
Biotechnische Fortpflanzungstechniken bergen zusätzliche Risiken. Mit der heute routinemässig angewandten künstlichen Besamung konnte man aus ökonomischer und veterinärmedinischer Sicht zwar unbestrittene Fortschritte erzielen. So wurden beispielsweise Deckseuchen wie Trichomonaden weitgehend zum Verschwinden gebracht und die Übertragung anderer Infektionskrankheiten durch den Deckakt verhindert. Auch die Anzahl von Schwergeburten wurde durch die künstliche Besamung vermindert, da die Kälbergrösse bis zu einem gewissen Grad durch die Auswahl des Vatertiers gesteuert werden kann (was namentlich bei erstmals kalbenden Kühen von Bedeutung ist). Langfristig hat die künstliche Besamung jedoch eine weitere Einengung der Rassenvielfalt und genetischen Variationsbreite zur Folge. Die enge Zuchtauswahl und der Umstand, dass immer mehr Tiere dieselben Vorfahren haben, führen über mehrere Generationen zwangsläufig zu einer genetischen Verarmung und abnehmenden Flexibilität gegenüber neuen Umweltbedingungen. Ausserdem besteht die Gefahr, dass nicht erkannte Erbfehler (beispielsweise Kardiomyopathie, Kälberblindheit oder Spinnengliedrigkeit) auf eine grössere Vielzahl von Nachkommen übertragen werden.
Beim Embryonentransfer werden die Muttertiere ferner einer intensiven Hormonbehandlung unterzogen, deren Konsequenzen bislang noch nicht vollständig absehbar sind. Verschiedene unerwünschte Nebenwirkungen wie Eierstockfehlfunktionen oder Leistungsdepressionen offenbaren sich jedoch bereits, und auch aus landwirtschaftspolitischer Sicht bestehen Bedenken gegenüber dem Embryotransfer, da er die Hochzüchter bevorteilt und zu einer weiteren Steigerung der Milchleistung führt. Aus tierschützerischer Sicht problematisch ist letztlich auch das Klonieren, das infolge der geringen Erfolgsquote von unter einem Prozent einen enormen Tierverbrauch zur Folge hat. Allein für die Herstellung des Klonschafs "Dolly" verbrauchte man rund tausend reife Eizellen und nahezu 300 Leihmütter. Letztlich gelang nur gerade eines von 277 Experimenten, wobei die zahlreichen zu keinem Erfolg führenden Vorversuchsreihen statistisch nicht einmal erfasst wurden. Nicht selten weisen die reproduzierten Tiere überdies belastende Merkmale auf; so sind beispielsweise geklonte Kälber und Lämmer bei der Geburt oft ungewöhnlich gross und schwer, haben deformierte Gliedmassen oder leiden unter Herz- und Blutkrankheiten. Auch altern geklonte Tiere möglicherweise schneller als ihre normalen Artgenossen.
Den dargestellten Risiken zum Trotz nimmt die gezielte Hochleistungszucht mittlerweile nahezu im gesamten Nutztierbereich eine zentrale Rolle ein. Am Beispiel der drei in unseren Breitengraden wirtschaftlich bedeutendsten Arten (Rindvieh, Schwein und Geflügel) sollen im Folgenden einige der folgenschweren Auswirkungen auf die Tiere aufgezeigt werden:
Bedienung
Ausführlichkeit
Qualitätsanspruch
Radikal für die Tiere
Wertschätzung
Lustfaktor
Nicht bewertet