Tierschutzrelevante Sachverhalte treten bei den genannten Tiergruppen in der Regel erst auf, wenn den Tieren die erforderliche Betreuung verwehrt wird. Zu denken ist hierbei insbesondere an die fehlende Belüftung und Klimatisierung von Beförderungsmitteln. So ist immer wieder zu beobachten, wie Hunde in parkierten Personenwagen zurückgelassen und der prallen Sonne ausgesetzt werden, sodass die Temperatur im Fahrzeuginnern innerhalb kurzer Zeit ganz erheblich steigt und den Tieren der Tod durch Hitzschlag droht. Beim Transport von Hunden und Katzen ist stets auch für ausreichend Wärme dämmende Liegefläche zu sorgen, da die Tiere als domestizierte Raubtiere zwar über ein leistungsfähiges Muskelsystem verfügen, nicht jedoch über einen für langes Stehen geeigneten Stütz- und Sehnenapparat. Eine rohe oder unsachgemässe Behandlung kann ausserdem zu erheblichen Angst- und Panikzuständen führen, da die Tiere mit ihren hoch entwickelten Sinnesorganen intensiv an den Vorgängen ihrer Umgebung teilnehmen.
Landwirtschaftliche Nutztiere reagieren auf das Transportgeschehen hingegen weit empfindlicher (Gleiches gilt im Übrigen auch für eingefangene Wildtiere, bei deren Beförderung regelmässig hohe Verluste zu verzeichnen sind), was neben der Einmaligkeit des Ereignisses insbesondere auf ihre infolge moderner Zuchtmethoden und Haltungssysteme stark verminderte Adaptionsfähigkeit zurückzuführen ist. Zu denken ist hierbei etwa an die züchterische Veränderung von Körpermassen und Organfunktionen. Durch die in Intensivhaltungsbetrieben meist herrschende Enge und den drastischen Bewegungsmangel werden ausserdem die Muskeln der Tiere nur ungenügend trainiert, während die Eintönigkeit und Regelmässigkeit der Ernährung darüber hinaus eine ungenügende Beschäftigung des Verdauungsapparats bewirken. Die zuweilen geäusserte Annahme, in Intensivhaltungsbetrieben aufgezogene Hochleistungstiere seien bereits derart apathisch, dass die Transportbedingungen für sie keine zusätzliche Belastung darstellen würden, ist daher völlig falsch. In der Praxis trifft vielmehr das Gegenteil zu, wenn die lebenslang in absoluter Reizarmut gehaltenen Tiere erstmals mit verschiedensten Umweltfaktoren ausserhalb der Produktionsanlage konfrontiert werden. Grundsätzlich sind Nutztiere daher nur sehr bedingt transporttauglich, wobei verschiedene artspezifische Unterschiede zu berücksichtigen sind:
• Rindvieh übersteht kurze und tierschutzkonform durchgeführte Beförderungen aufgrund ihrer physiologischen Konstitution (Kreislauf, Thermoregulation etc.) üblicherweise relativ unbeschadet. Infolge unterschiedlichen Alters, Entwicklungsstands, Ernährungslage und Produktionsfunktion können zwischen den einzelnen Tieren aber beträchtliche Differenzen bestehen. Für Ferntransporte sind sie jedoch grundsätzlich nicht geeignet. Verschiedene Untersuchungen haben gezeigt, dass die Tiere bereits bei Transportdistanzen ab sechzig Kilometern zu ermüden beginnen und ein wesentlicher Anstieg der Anzahl Blutergüsse zu beobachten ist. Für Rindvieh charakteristisch ist ausserdem, dass transportbedingte Schäden oder gar Todesfälle oft erst längere Zeit nach der Beförderung auftreten. Auf langen Strecken ist ihren Bedürfnissen nur schwer Rechnung zu tragen, da Rindvieh bezüglich Nahrungsaufnahme und Verdauung sehr anspruchsvoll ist. Die Tiere trinken bis zu fünfzehnmal täglich und benötigen dabei gesamthaft je nach Fütterungsstadium bis zu hundert Liter Wasser. Zudem haben sie lange Fresszeiten von fünf bis zehn Stunden sowie zehn bis fünfzehn Wiederkauphasen zu etwa dreissig Minuten, die sie meist liegend verbringen. Bedeutend ist auch die Möglichkeit zum Ausstoss von Verdauungsgasen aus den Vormägen bei gestrecktem Hals. Infolge Nüchterung und Wasserentzug verliert Rindvieh verglichen mit anderen Tierarten auch besonders viel Gewicht. Zudem handelt es sich um Fluchttiere, deren natürliche Ausweich- und Fluchtdistanz auf dem Transport dauernd unterschritten wird. Ihr hoher Schwerpunkt, der massige Magen-Darm-Trakt und ihre verhältnismässig langen und dünnen Beine machen es den Tieren überdies besonders schwer, die Fahrzeugbewegungen auszubalancieren.
• Schweine sind aufgrund artspezifischer Besonderheiten, insbesondere aber auch infolge moderner Zucht- und Haltungsmethoden besonders stressanfällig und für Transporte denkbar ungeeignet. Namentlich ihre ungenügende Anpassungsfähigkeit an Belastungssituationen ist bereits seit vielen Jahren wissenschaftlich belegt. Nach lebenslanger, nahezu bewegungsloser Mast können sie in hohen Belastungssituationen ihre Anpassungsmechanismen (Steigerung von Kreislauf-, Atmungs- und Wärmeregulation) nicht optimal einsetzen. Insbesondere das mangelnde Training des Bewegungs-, Nerven- und Verdauungsapparats hat eine übermässige Anfälligkeit auf physische Belastungen zur Folge. Andere durch die moderne Haltung und Fütterung verursachte Eigenschaften führen ausserdem zu weiteren Transportproblemen. So besteht beispielsweise infolge Fressgier und Futterneid die Gefahr, dass sich Schweine vor dem Transport überfressen. Auch ist ihr im Verhältnis zum Körper zunehmend kleiner und schwächer gewordenes Herz den verschiedenen Transportanforderungen nicht gewachsen. Die Auswirkungen der Beförderung äussern sich in vielfältiger Form und führen nicht selten zum Tod der Tiere. Typische erste Symptome sind etwa Muskel- und Schwanzzittern, kurze und offene Maulatmung, Erhöhung von Herztätigkeit und Körpertemperatur auf über vierzig Grad oder rote Flecken auf blasser Haut. Im Endstadium ist die Fortbewegung nur mehr sehr zögernd, ehe die Tiere kollabieren und ein plötzlicher Tod mit einer sehr rasch einsetzenden Totenstarre eintritt. Von allen landwirtschaftlichen Nutztieren sind beim Transport von Mastschweinen regelmässig die grössten Verluste zu verzeichnen, wobei Ausfallquoten von über 10 Prozent keine Seltenheit darstellen. Typisch für schwere Belastungssituationen bei Schweinen sind auch Beckenspreizungen, ein hoher Anteil von PSE- und DFD-Fleisch und die akute Rückenmuskelnekrose (die sog. Bananenkrankheit), bei der sich infolge eines angeschwollenen langen Rückenmuskels der Rücken nach oben und zur Seite krümmt. Die grössten Angst- und Stressreaktionen sind regelmässig bei der Ver- und Entladung (Schädigungen der Herz- und Gefässmuskelzellen sind die Ursachen einer relativ hohen Herztodanfälligkeit, deren Gefahr besonders beim Auf- und Abladen gross ist, derweil sich die Tiere während des Transports anscheinend auszuruhen vermögen) sowie beim Zusammentreffen mit fremden Artgenossen zu verzeichnen. So kommt es bei Sammeltransporten, bei denen Schweine aus verschiedenen Stallungen zusammengeführt werden, immer wieder zu starken Aggressionen, wobei die Tiere ohne Rücksicht auf ihre eigene körperliche Leistungsfähigkeit bis zur totalen Erschöpfung bzw. dem Zusammenbruch kämpfen. Gemäss englischen Untersuchungen weisen 40 Prozent der transportierten Schweine durch gegenseitige Aggressionen hervorgerufene Schäden wie Bisswunden, Schrammen oder Blutergüsse auf.
• Auch für Pferde, die durch eine ausserordentliche Bewegungsaktivität und Sensibilität gekennzeichnet sind, stellt der Transport sowohl in physischer als auch in psychischer Hinsicht eine übermässige Belastung dar. Insbesondere bei erstmals beförderten Tieren kann die ungewohnte Umweltsituation erhebliche Angstzustände und atypische Verhaltensweisen auslösen. Aufgrund ihrer hohen Fluchtbereitschaft und nur geringen Standfestigkeit eignen sie sich von allen landwirtschaftlichen Nutztieren am wenigsten für einen Transport. Der relativ hohe Schwerpunkt und die schmale Stehbreite von Pferden bewirken eine verhältnismässig grosse Instabilität der Tiere. Aufgrund ihrer ausgeprägten Bodensensibilität nehmen sie zudem auch kleinste Vibrationen über Hufe und Beinknochen wahr, was zur Folge hat, dass Pferde normalerweise das Betreten von unsicheren oder sich bewegenden Bodenflächen vermeiden. Mehr als bei anderen Tieren werden bei Pferden zudem ausgesprochene Antipathien untereinander festgestellt, die zu Beissereien und Unruhen während der Beförderung führen können.
• Schafe gelten zwar als besonders anpassungsfähig, ihre Belastbarkeit wird aber häufig überschätzt, da deren Grenzen nicht ohne weiteres ersichtlich sind. Die Tiere sind relativ witterungsunabhängig, weil ihr Fell sie vor Kälte und in geringerem Umfang auch gegen Hitze und Sonneneinstrahlung schützt. Sie werden häufig als "stille Dulder" bezeichnet, da ihre Befindlichkeit aufgrund ihrer geringen Gesichtsmimik und der starken Körperbewollung nur schwer erkennbar ist. Ausdrucksmittel für Angst- und Panikzustände sind etwa das charakteristische Drohstampfen mit den Vorderbeinen, eine erhöhte Atem- und Herzfrequenz, ein anormales Zusammendrängen oder ungestüme Fluchtversuche. Verglichen mit anderen Tierarten gibt es bislang jedoch nur wenige Untersuchungen, die sich mit den Transportauswirkungen auf Schafe befassen. Auch hier können unsachgemässe Beförderungen zu hohen Ausfallquoten führen. Grosse Bedeutung kommt hier vor allem der Ladedichte zu. Schafe sind so zu befördern, dass sie während der Fahrt nicht hin- und hergeworfen werden, sondern stehen bleiben und sich gegenseitig stützen können. Stürzt ein Tier oder legt sich nieder, besteht die Gefahr, dass es von den anderen erdrückt wird oder erstickt. Gemäss Expertenmeinungen ist es kaum möglich, Ferntransporte von Schafen tiergerecht durchzuführen.
• Geflügel - d.h. Hühner und artverwandte Hühnervögel (Fasane, Perlhühner) sowie Puten, Enten und Gänse aller Altersklassen und Nutzungstypen - wird meist in Käfigen oder Containern transportiert. Einer gewissenhaften Beförderung sind die Tiere relativ gut gewachsen, sofern ihr Gefieder bereits voll ausgebildet ist. Eintags-, Schlupf- und gewöhliche Küken hingegen sind bis zu ihrer vollen Befiederung (mit etwa sieben Wochen) aufgrund des erhöhten Wärmebedürfnisses gegenüber Temperaturabkühlungen besonders anfällig. Bei Schlachtgeflügel beträgt die Anzahl verletzter Tiere bisweilen trotzdem über 30 Prozent. Probleme entstehen häufig infolge Überbelegung oder ungenügender Klimatisierung und Belüftung der Fahrzeuge, sodass die Tiere bei stark wechselnden Wetterverhältnissen nicht ausreichend geschützt sind. Bei heissen Temperaturen drohen viele Hühner zu ersticken, während sie bei Frost erfrieren können. Betroffen sind in erster Linie die im Innern des Stapels sitzenden Tiere, die ohne ausreichende Ventilation und Sauerstoffzufuhr rasch verenden (akutes Kreislaufversagen stellt bei Transportgeflügel die häufigste Todesursache dar). Grosse Vorsicht ist auch beim Einfangen und Verbringen von Geflügel in die Transportbehälter geboten, da ihre Bein- und Flügelknochen leicht ausrenken oder brechen. In der Praxis erfolgt das Einpacken und Verladen oft in grosser Eile und ohne Rücksicht auf die Tiere, die daher nicht selten Knochenbrüche oder andere Verletzungen erleiden. Geflügel wird in der Regel von Hand in die Transportkisten eingesetzt; um den Arbeitseinsatz zu erleichtern, existieren aber auch verschiedene mechanische Vorrichtungen. Fragwürdige Berühmtheit hat in diesem Zusammenhang der in den USA entwickelte "Hühnerstaubsauger" erlangt, womit bis zu 6000 Tiere pro Stunde mittels eines Sog- und Druckgebläses durch ein geschlossenes Rohrsystem direkt aus dem Stall auf das Transportfahrzeug befördert werden können. Die wirtschaftlichen Verluste durch Ausfälle sind bei dieser tierschutzwidrigen Verlademethode jedoch so gross, dass sie in der Praxis nur gelegentlich Anwendung findet. Mehr als 80 Prozent des beförderten Schlachtgeflügels sind Jungmasthühner, der Rest Althennen und Mastputen, während Enten und Gänse in der Regel im Mastbetrieb geschlachtet werden.
Um die Transportanstrengungen besser zu ertragen - insbesondere aber auch zur Vermeidung einer stressbedingten Verminderung der Fleischqualität - werden den Tieren nicht selten Medikamente verabreicht (in der Regel handelt es sich dabei um Psychopharmaka oder Beta-Blocker, die das Herz langsamer schlagen lassen). Die weitaus grösste Bedeutung hat der Einsatz von Beruhigungsmitteln bei den sehr stressanfälligen Hochleistungsschweinen. Obschon der Medikamenteneinsatz in Einzelfällen - etwa bei der Verladung besonders ängstlicher oder bösartiger Tiere - nützlich oder sogar notwendig sein kann, darf er jedoch keinesfalls einen behutsamen Umgang ersetzen. Von einer pauschalen und ständigen Anwendung von Medikamenten - wobei im Übrigen auch die Vorschriften des Arzneimittelrechts zu beachten sind - ist daher dringend abzusehen. Damit keine entsprechenden Rückstände mehr im Fleisch vorhanden sind, ist die Applizierung von Beruhigungsmitteln kurz vor der Schlachtung ohnehin nicht mehr erlaubt.