Verschiedene negative Transportauswirkungen - wie beispielsweise unversorgte Fleischwunden, Prellungen, Hautabschürfungen, Quetschungen, Blutergüsse, Bein- oder Beckenfrakturen – sind offenkundig. Schmerzhafte Verletzungen entstehen etwa, wenn die Tiere stürzen und im Gedränge nicht mehr aufstehen können, bei Rangauseinandersetzungen mit fremden Artgenossen, Fluchtversuchen aus den beengenden Situationen, dem typischen Übereinandersteigen in Engpässen beim Verladen, durch transportbedingte Zwangsmassnahmen (ungeeignete Anbindevorrichtungen etc.), Kontakte mit Fahrzeugteilen oder Misshandlungen durch das betraute Personal.
Genau wie der Mensch leiden Tiere nicht nur beim Auftreten körperlicher Schmerzen (so kann Leiden beispielsweise auch durch Angst in Verbindung mit dem Faktor Zeit entstehen). Wird das - sehr unterschiedliche und nur schwer feststellbare - Leistungsvermögen von Tieren überschritten, äussert sich dies in der Regel nicht in offensichtlichen Verletzungen, sondern in mehr oder weniger ausgeprägten Belastungsreaktionen und Erschöpfungszuständen. Offensichtlich verletzte oder während der Beförderung gestorbene Tiere sind daher wohl lediglich "die Spitze eines Eisbergs leidender Tiere", was insbesondere in der Medienberichterstattung von Tiertransporten oftmals zu wenig zum Tragen kommt, da die Öffentlichkeit zwar durch die Darstellung des Schicksals einzelner Transporttiere bewegt wird, die Gesamtsymptomatik tierschutzwidrig beförderter Gruppen der Kamera jedoch verborgen bleibt.
Die Qualen der Tiere beginnen aber nicht erst mit dem Auftreten erkennbarer Verletzungen. Vielmehr leiden die meisten Transporttiere still und ohne dass es leicht ersichtlich wäre, ob sie tatsächlich Schaden nehmen, Schmerzen verspüren oder in Angst versetzt werden. Da diese Empfindungen der Bewertung durch naturwissenschaftliche Methoden nur sehr bedingt zugänglich sind, muss zu ihrer Erfassung auf klinische Untersuchungen und die Beobachtung artspezifischer Verhaltensstörungen abgestellt werden. Typische Transportstresssymptome sind etwa Angst- und Erregungszustände - die für die Tiere sogar belastender als physische Schmerzen wirken können - wie heftiges Zittern, Erstarren, wiederholtes Absetzen von Harn und Kot in kleinen Mengen oder ungewohnte Lautäusserungen. Weitere untrügerische Anzeichen sind erhöhte innerartliche Aggressionen, wie etwa das gegenseitige Bepicken der Köpfe bei Geflügel, Flanken- und Halsbeissen bei Schweinen, Beissen und Ausschlagen bei Pferden oder heftige Stösse bei Rindvieh und Schafen. Ebenfalls zu beobachten sind ausgeprägte Erschöpfungszustände - viele Tiere sind bei ihrer Ankunft am Bestimmungsort derart geschwächt, dass sie die Transportmittel nicht mehr aus eigener Kraft verlassen können - oder das sog. Fight-and-Flight-Syndrom. Durch Kampf oder Flucht versuchen die Tiere hierbei die Gefahrensituation zu überwinden, um allmählich wieder in den Zustand der Beruhigung zurückzukehren. Markanteste Auswirkung des Fight-and-Flight-Syndroms stellt das scheinbar kopflose Dahinstürzen der Tiere dar.
Wie beim Menschen bewirkt eine unregelmässige Fahrweise ausserdem auch bei Tieren das Auftreten der Bewegungs- oder "Reisekrankheit", die sich in starkem Unwohlsein und Erbrechen äussert. Gelangt das Erbrochene in die Lungen, kann die verursachte Atemwegsverstopfung den Tod bewirken. Überdies führen transportbedingte Belastungen zu stark erhöhter Atem- und Herzfrequenz sowie einer Überbelastung des Wasserhaushalts, Kreislauf- und Nervensystems. Namentlich Witterungseinflüsse bewirken eine erhebliche Belastung des Wärmehaushalts und Herz-Kreislauf-Systems. Dies äussert sich gewöhnlich in einem überdurchschnittlichen Wasserverlust durch Schwitzen und Ausdünstung - was zu Durst, psychischen Belastungen bis hin zu Panik und Stoffwechselbeeinträchtigungen führt - sowie einer vermehrten Speichelproduktion, Schleimhautbefeuchtung, dem Absetzen von Harn und einer vermehrten Milchproduktion. Kann der Wasserverlust nicht durch das Zuführen von Flüssigkeit ausgeglichen werden, kommt es zur Bluteindickung, einer Überanstrengung des Herzens und Überhitzung des Körpers, was letztlich zum Tod führt.
Auch die Verdauungstätigkeit von Transporttieren kann erheblich beeinträchtigt werden. Vor und während der Beförderung aufgenommenes Futter bleibt länger im Magen als gewöhnlich (insbesondere dann, wenn die Tiere noch unmittelbar vor dem Transport gefüttert wurden, wobei die herabgesetzte Pansentätigkeit bis zu einer Woche nach Transportende anhalten kann). Die Folgen davon sind mechanische Behinderungen der Atmung und eine verminderte Leistungsfähigkeit des Herzens, was eine mangelhafte Sauerstoffversorgung lebenswichtiger Organe bewirken kann. Schwere und häufig mit Koliken verbundene Indigestionen führen zu einer Verschlechterung des Kreislaufs, Leberschädigungen oder Apathie und gar bis zum Koma und Tod; im Extremfall kommt es auch zum Verdauungsstillstand, der das Entstehen fäulnisartiger Zerfallsprodukte und eine Vergiftung des Körpers zur Folge hat. Vor allem bei Rindvieh sind das Ausmass der letzten Fütterung und die Wartezeit vor dem Transport für das Wohlbefinden mitverantwortlich. Nicht selten verlieren Transporttiere infolge der Belastungen auch beträchtlich an Körpergewicht. Die Folgen hiervon sind Abmagerung, innere Austrocknung und eine erhöhte Krankheitsanfälligkeit. Bei Schweinen sind auf längeren Transporten Gewichtsverluste von bis zu 10 Prozent, bei Rindvieh sogar von bis zu 20 Prozent festzustellen (bereits Kälber können auf langen Transporten bis zu zehn Kilogramm Körpergewicht verlieren). In Verbindung mit einer durch das Aufeinandertreffen fremder Tiere verursachten Infektionsgefahr kann die transportbedingte Schwächung des Immunsystems zudem zu einem erhöhten Krankheitsrisiko führen. Beispiele hierfür sind die gesteigerte Krankheitsanfälligkeit und Sterblichkeit von Kälbern oder der gemeinhin als Transportfieber oder "Shipping Fever" bekannte BRD-Komplex (Bovine Respiratory Disease), der insbesondere bei erschöpften und eng zusammengepferchten Tieren zum Ausbruch gelangt. Letztlich werden durch die verschiedenen Stressoren nicht nur einzelne Tiere, sondern in der Regel die gesamte Transportgruppe geschädigt, was etwa an generell fiebrigen Körpertemperaturen zu erkennen ist. Ein hoher Anteil verletzter, geschwächter oder gar toter Tiere ist daher fast immer ein Indikator für den schlechten Zustand des ganzen Verbands.