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Für die Gesundheit von Nutztieren sämtlicher Arten bedeutend sind ausserdem die (vor allem bei hohen Beständen problematische) Hygiene der Futterplätze und Versorgung mit frischem Trinkwasser, das insbesondere in der Epidemiologie vieler Infektionskrankheiten eine wesentliche Rolle spielt, sowie das Stallklima. Hierzu gehören sowohl physikalische Elemente (wie die Temperatur, relative Luftfeuchtigkeit, Luftrate und Durchlüftungsgeschwindigkeit) als auch chemische Aspekte (der Ammoniak- und Schwefelwasserstoffgehalt sowie der Anteil an Kohlendioxid in der Luft), die bei einer Massierung vieler Tiere auf engstem Raum allesamt schwer zu stabilisieren sind. Die gedrängte Tierhaltung begünstigt generell die epidemische Ausbreitung von Seuchen wie der in verschiedenen europäischen Ländern seit einigen Jahren vermehrt auftretenden und durch hohes Fieber und Verdauungsstörungen gekennzeichneten Schweinepest oder dem sog. Newcastle-Syndrom (NCD), einer hoch ansteckenden Virusinfektion bei Geflügel. Bei auf Spaltenböden mit Flüssigmistsystemen permanent über den eigenen Exkrementen stehenden oder liegenden Tieren verursachen der hohe Ammoniak- und Staubgehalt in den schlecht durchlüfteten Stallungen ausserdem eine Reihe von Atemwegerkrankungen und Infektionen. Wie beim Menschen sind die empfindlichen Atmungsorgane auch bei Tieren bei hohem Ammoniak- und Staubgehalt der Luft krankheitsanfälliger. So treten allgemein etwa Verdauungs- und Atmungstraktsinfektionen und bei Schweinen im Besonderen chronische Lungenerkrankungen oder schmerzhafte Nasenverkrümmungen auf (sog. Schnüffelkrankheit). Insbesondere in Legehennenbatterien besteht für die Tiere im Falle einer durch hohe Aussentemperaturen bewirkten Überhitzung der Räume überdies die Gefahr eines Wärmestaus, was zum Tod ganzer Bestände führen kann.