Generell lassen sich die zuchtbedingten Beeinträchtigungen von Heimtieren in anatomische Merkmale (d.h. veränderte Organe wie Skelett, Muskulatur, Sinnesorgane oder Nervensystem) und physiologische Kennzeichen (verschiedene Erbfehler und Dispositionen) gliedern. Anatomische Veränderungen führen direkt (beispielsweise in Form eingeschränkter Beweglichkeit), oftmals aber auch indirekt, d.h. über die Behinderungen physiologischer Vorgänge wie etwa durch vermindertes Seh- oder Hörvermögen, gestörte Verdauungsprozesse etc. zu tierschutzrelevanten Hemmnissen des artspezifischen Verhaltens. Etliche sog. Designertiere sind nichts anderes als planmässig missgebildete Kreaturen, die an zuchtbedingten Krankheiten leiden und infolge morphologischer, physiologischer oder verhaltensmässiger Veränderungen kein artgemässes Leben führen können. Bei manchen Zuchtarten wird darüber hinaus mit sog. Letalfaktoren gearbeitet, die den Tod der Tiere kurz vor oder nach der Geburt verursachen.
Kaum eine Heimtierart ist vom züchterischen Gestaltungsdrang verschont geblieben, wobei sich naturgegebene Körper- und Verhaltensmerkmale gleichermassen als "Wachs in Züchterhand" erwiesen wie Organstrukturen und -funktionen. Die sich daraus ergebenden Beeinträchtigungen der normalen Lebensführung der Tiere (Zuchtdefekte, Erkrankungsdispositionen und Verhaltensanomalien) werden dabei - aus mangelnder Sachkenntnis oder ganz bewusst - in Kauf genommen bzw. als charakteristische Rassekennzeichen gezielt angestrebt. So zeigt sich beispielsweise in der Hunde-, jedoch auch in der Kleinnager- und sogar in der Pferdezucht seit einiger Zeit die Tendenz zur Schaffung von "Toy-Pets", d.h. immer kleineren und möglichst pflegeleichten Tieren, die unter verschiedenen Belastungen zu leiden haben. Exemplarisch sei hierzu auf (vor allem auf dem amerikanischen Heimtiermarkt angebotene) Fallabellas und Minishetlandpferde verwiesen, bei denen insbesondere Fruchtbarkeits- und Geburtsstörungen – die meisten Fohlen müssen durch Kaiserschnitte und andere geburtshilfliche Eingriffe zur Welt gebracht werden - sowie vorstehende Oberkiefer auftreten. Verschiedene Beispiele aus einer umfassenden Liste moderner Designertiere sollen die erhebliche Tierschutzrelevanz der Heimtierzucht im Folgenden weiter veranschaulichen:
Bedienung
Ausführlichkeit
Qualitätsanspruch
Radikal für die Tiere
Wertschätzung
Lustfaktor
Nicht bewertet