Vor allem die Zucht und Haltung von Rassegeflügel hat sich in den letzten hundert Jahren zu einer beliebten Freizeitbeschäftigung entwickelt. Die Anfänge der gezielten Zucht gehen hier jedoch bereits auf das Ende des 18. Jahrhunderts zurück, als breite Bevölkerungsgruppen aus ländlichen Gebieten in die Städte abwanderten und sich durch die Haltung von Heimtieren einen Rest ihrer gewohnten Umgebung zu bewahren versuchten (insbesondere die Taubenzucht erfuhr seither einen enormen Aufschwung). Im Laufe der Zeit wurden bei den Tieren verschiedene Haut- und Gefiederveränderungen bewirkt. Hautveränderungen treten beispielsweise bei Wassergeflügel (in Form von Kehl- und Bauchschwammen), Haustauben (als Kamm- und Kopfanhangvariationen, Sporenveränderungen, fehlende Bürzeldrüsen oder Abweichungen in Schnabelform und -grösse) oder Kropftauben auf (in Form von Kröpfen und Wucherungen der Schnabelwarzen). Als Beispiele für auftretende Gefiederveränderungen sind insbesondere Hennen- oder Langfiedrigkeit, Ohrbommeln, Federbärte und Langschwänzigkeit zu nennen. Viele der von den ursprünglichen Wildformen stark abweichenden und teilweise schon seit Jahrhunderten durch Zuchtdefekte (etwa die Haubenbildung bei Hausenten, Schwanzlosigkeit und Ohrbommeln bei Haushühnern) geförderten oder durch Übertypisierung zu Exzessivbildungen (beispielsweise Schnabelwarzen und Kröpfe bei Haustauben) umgeformten Merkmale gelten zwar offiziell als "Rassekennzeichen", stellen aus tierschützerischer Sicht jedoch nicht tolerierbare Qualzüchtungen dar.
Gesamthaft wird den Tieren damit eine arttypische Lebensführung oftmals erheblich erschwert oder sogar gänzlich verunmöglicht. Als Extrembeispiele sind etwa der Gibber italicus und andere sog. Gestaltungskanarien zu nennen, die aufgrund ihren angezüchteten Giraffenhälsen, Stelzenbeinen und Buckeln sowie den nackten Hautpartien an Kopf, Bauch und Schenkeln zu einem Krüppeldasein verurteilt sind. Viele Zuchtvögel leiden aber auch unter gestörtem Sozialverhalten, herabgesetzter Fruchtbarkeit, fehlendem oder überdimensioniertem Federkleid, eingeschränktem Gesichtsfeld und beeinträchtigtem Flugvermögen. Da eine normale Begattung nicht mehr möglich ist, müssen Muttertiere oftmals künstlich besamt und die Küken im Anschluss von Ammen aufgezogen werden. Befiederungsanomalien können ausserdem bis zur vollständigen Flugunfähigkeit führen. Vor allem bei Wellensittichen und Kanarien treten darüber hinaus zahlreiche genetische Defekte, Krankheitsdispositionen und teilweise massive Schädelveränderungen auf, sodass etliche Tiere nur mit Hilfe aufwändiger Haltungs- und Pflegemassnahmen (wie Fortpflanzungshilfen, Ammenaufzucht und der sorgsamen Unterbringung in Volieren) überlebensfähig sind.
Besorgniserregende Zuchtauswüchse sind auch bei diversen Zierfischarten (etwa bei Guppys, Segelflossern, Gold-, Diskus- und Kampffischen) festzustellen. Infolge anatomischer Veränderungen (insbesondere abnormen Vergrösserungen der Körperformen, Augen und Schwanzflossen) oder Fehlfarben sind die Tiere erheblich in ihrem Schwimm-, Fress- und Fortpflanzungsverhalten beeinträchtigt sowie einer erhöhten Verletzungs- und Infektionsgefahr ausgesetzt. Bestimmte Zuchtfischarten können infolge Maulabnormitäten nur noch durch künstliche Handfütterung am Leben erhalten werden. Tierquälerische Exzesse zeigen sich ausserdem bei verschiedenen Kleinnagern und Kaninchenarten, bei denen die Ursache für gesundheitliche Probleme häufig in veränderten Haarstrukturen oder im stark verminderten Körperwuchs liegt. Exemplarisch genannt seien hierzu Angorahamster, die ihr überlanges Fell nicht mehr selber sauber halten können, oder zu Gebissanomalien und aggressivem Verhalten neigende Zwergkaninchen (oftmals leiden die Tiere überdies unter Veränderungen der Tränenkanäle). Ebenso als Qualzuchten zu bezeichnen sind Liliputaner-Kaninchen, die sich infolge ihres verkürzten, verbreiterten Kopfs (mit Froschmaul, Knopfaugen und Stummelohren) nur noch unbeholfen fortbewegen können, oder japanische Tanzmäuse, die durch Schüttelbewegungen des Kopfs und die Tendenz, sich um sich selber zu drehen, bekannt sind. Das charakteristische Kopfschütteln und Kreislaufen (das beschönigend als Tanzen bezeichnet wird) ist auf erbbedingte Leiden zurückzuführen. Die Tiere können überdies weder springen noch schwimmen und sind aufgrund von Labyrinthstörungen (Innenohrdefekten) ab ihrer dritten Lebenswoche vollständig taub. Nicht weniger leiden schliesslich auch die grotesk anmutenden, über ihre eigenen Hängeohren stolpernden Englischen Widder-Kaninchen mit einer "Ohrenspannweite" von über 65 Zentimetern bei einer Körperlänge von 15 Zentimetern.
Mittels züchterischen Bestrebungen wird ausserdem sogar immer mehr versucht, aus exotischen Wildtieren gefügige Heimtiere zu machen. Insbesondere bei verschiedenen Reptilienarten bestehen bereits etablierte Zuchtlinien, wie beispielsweise Pigmentmangelmutationen bei Schlangen, die vom Urtyp abweichen und den Tieren Schäden verursachen. Obschon keine einzige Reptilienart als domestiziert gilt, werden auf speziellen Farmen verschiedene Arten für die Lederproduktion oder den Heimtiermarkt gezüchtet. Zu erwähnen sind auch gezüchtete Raubkatzen, die – davon abgesehen, dass ihnen ein artgerechtes Leben in privater Einzelhaltung kaum geboten werden kann - spätestens beim Erreichen der Geschlechtsreife mit teilweise erheblichen gesundheitlichen Problemen belastet sind. Exemplarisch sei hierzu auf Ozelots verwiesen, die in den letzten Jahren zunehmend als "konditionierte, sozialisierte und ideale Heimtiere" angeboten werden. Da es sich dabei in der Regel um einheimische Nachzuchten handelt, sind die meisten Tiere nach Vorliegen einer Haltebewilligung handelsfähig.